Yndesdalsvassdraget, som ligg i kommunane Gulen og Masfjorden, er verna mot vasskraftutbygging som eit typevassdrag i ytre kystsone og har verneverdige demningar. Vassdraget har sidan 1991 vore med i DN sitt overvåkingsprogram for kalka vatn og vassdrag. Der blir både vasskjemi, botndyr og fisk undersøkt. 

Yndesdalsvassdraget drenerer fjellområda mellom Sognefjorden i nord, Austgulfjorden i vest og Masfjorden i søraust. Frå hovuddalføret blir mange sidedaler drenert - i sørleg retning med Myrdalen, Steindalen og Furudalen som dei største. Hovudvassdraget renn gjennom fire store vatn. Vernet omfattar heile nedbørfeltet bortsett frå nedbørfelta til Transdalsvatn og Austgulvatn som begge ligg i øvre delar av Yndesdalsvassdraget. Til sammen utgjer desse 6 % av feltet sitt totale areal. 

Ved fylkesgrensa til Hordaland skiftar vassdraget namn til Frøysetvassdraget - og renn ut i Fensfjorden ved Frøyset. 

Berggrunnen består for det meste av granitt. Lausmassar i betydelig grad finnst berre under marin grense og i dalbotnane. 
Skogareala er dominert av furu og bjørk med innslag av eikeskog og edellauvskog. Enkelte stader er relativt store areal tilplanta med gran og sitkagran. Fjellvegetasjonen består av lyngheier, grasheier og myrer. Bebyggelse og jordbruk utgjer ca 3% av totalarealet. Alle aktuelle vegetasjonssoner frå lavalpin sone til havnivå er representert og vassdraget inneheld dei fleste av dei faglege kvalitetane som er karakteristiske for regionen. 

Vassdraget har frå naturen si side hatt surt vatn og områda har liten bufferevne mot sure tilførslar. Det skuldast at berggrunnen i vassdraget er dominert av prekambriske grunnfjellsbergartar som for ein stor del består av gneisar og kvartsitt. Desse bergartane er harde og sure og forvitrar svært sakte, noke som gir lite lausmasseavsetningar og skrint jordsmonn. 

Det er muleg at sjøaurestammen som framleis eksisterer kan ha utvikla ein spesiell motstandskraft mot det sure vatnet. Vassdraget er derfor interessant som studieobjekt i forbindelse med overvåking av sur nedbør.

Vassdraget er godt eigna til fot- og skiturar. Det blir drive noke jakt og fiske. Enkelte vatn har ørret med god vekst og kvalitet. 

Yndesdalsvassdraget blir kalka, ved at Yndesdalsvatnet (104 m.o.h.) er blitt fullkalka kvar haust sidan 1991. Frå 1994 har det i tillegg blitt kalka med kalkdoserar ved utløpet av Ostavatnet. Kalkdoseraren blei sett i drift for å stabilisere vasskvaliteten på den anadrome strekninga i vassdraget. Vasskvaliteten, med hensyn på surheit, vert årleg overvåka av DN. 

Siste publiserte undersøking av vasskvaliteten frå Yndesdalsvassdraget er frå 1998. Fullkalking av Yndesdalsvatnet skjer kvar haust, med gradvis gjenforsuring av innsjøen og elvestrekningar og innsjøar nedanfor påfølgande vinter og vår.